之前經常聽到一些朋友問代謝平臺的數據轉換工具。這里我列舉了幾個自己接觸過的工具,這個里面的工具以后會慢慢的更新。如果大家有推薦的,可以給我發消息,我慢慢的豐富里面的內容。后面我應該會介紹幾個數據處理的平臺有什么格式轉換器軟件,時間待定吧!
on
這是一個打包好的轉換工具,適用于 平臺使用者將他們的數據轉換成可供 GNPS 平臺兼容的數據格式 (mzXML, mzML, and mgf)。這個工具使用簡單,只需要根據自己電腦的系統來安裝一下支持包(32 位或者 64 位),然后再復制數據的輸入目錄(),雙擊轉換,然后就可以在輸出文件夾里面得到轉換后的數據()。不需要安裝,直接解壓后就可以使用。
這個工具在轉換 .raw 的數據時可能會報錯,具體原因官網上也有解釋和解決的方法,這里把方法附在這里。
A tip for users: One of the from users is about PDA(UV) and data in files。These occur .Raw files UV and data as '' of MS . Some third party can solve this , but for cases you have not for the , here we you a . Every data are as ".*" in Water.Raw files, so just them and run "--.bat."
e.g. If and UV data are 5/6 in your data, put every .Raw files in , then run cmd, go to , and run "del /s ." and "del /s ."
這個工具在 中的一個轉換工具有什么格式轉換器軟件,提供了 平臺和 Linux 平臺。這些在官方的下載頁面有介紹和提供安裝方法。這個工具在 上使用也比較簡單:① 選擇輸入文件位置和輸出文件位置;② 選擇輸出格式和編碼精度;③ 添加(add)所需要的功能 (Peak )。最后不要忘了點擊右下角的開始(Start)
Abf
這個工具是免費的數據預處理軟件 MS-DIAL 軟件中所需的一個轉換工具,該工具要和MS-DIAL 結合起來用。MS-DIAL可以基于轉換后的abf格式,進行峰提取、對齊、移除批次效應、代謝物鑒定(免費公共數據庫)、PCA 分析、VIP計算等等。關于MS-DIAL的使用,可以參見官方的使用說明(-team..io/..io/MS-DIAL/)。
這個工具用起來也很簡單,只需要把原始數據直接拖拽到軟件的白色區域就可以,然后根據自己的需要選擇轉換后的文件保存,再點擊右下角的 就搞定。
Abf ( Base File) (版本可能有更新,界面或有變化)
但是這個軟件的下載需要向軟件開發團體進行申請,因為這個項目是收資助的,下載的申請等資料有助于該項目的資助。當然這個過程也很簡單,只需要填寫一些信息,然后就會收到通過郵箱發送的下載鏈接,該鏈接在一周內有效。